數量最多的動物是兩棲爬蟲類,包括象龜、巨鬣蜥、熔岩蜥等。此外,在加拉巴哥群島還可觀賞到海豹、海獅,以及許多種鳥類,如燕尾鷗、紅鶴、鵜鶘、蒼鷺、大、小達爾文雀...等。
由於加拉巴哥群島的生態十分獨特,提供生物學家一個非常理想的研究環境,為了讓保護當地的生態,每年到加拉巴哥群島的遊客人數有一定的限制,同時必須要由領有執照的動物學家導遊帶領,並且只能在指定的路線上活動、參觀。
此外,遊客到加拉巴哥群旅遊不可攜帶水果、果實、種子、花、動物...等,以免影響當地的生態。
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