六天後政權將再度輪替，據了解，扁政府和馬政府此次交接雖然建立了「清冊交接」制度，但未歸檔未列入清冊的總統辦公室文件，迄今交接進度都是「一片空白」，只能等準總統馬英九上任後才能清查了解。

馬蕭辦公室上午仍維持一貫低調態度，內定總統府發言人王郁琦指出，交接過程目前還算順利，沒有特定的困難發生，相關交接建立在互信誠信的基礎上。

沒有法令明定要如何交接

馬蕭辦公室和總統府目前都表達「依法交接」的態度；但據透露，關鍵就在於現在沒有完備的政權交接法令，依總統3月28日核定的「2008接卸任政府交接要點」，明定現階段宜以「不涉及法規變動」事項範圍為前提；換言之，總統府沒有列入清冊的文件都屬於「良心交接」的範圍，沒有法令明定這部分扁政府要如何交接，馬政府也無從要求交接。

五巨頭文件 沒有一份歸檔？

壹週刊指控總統辦公室疑擬將陳水扁任內所有邦交或非邦交國家重要人士發給總統的外交機密文件，全數拷貝帶離總統府，但據指出，這部分只要總統府內有存檔，馬英九進入總統府後還是查得到，關鍵在於壹週刊批露的另一部分，即總統、副總統和三位秘書長副秘書長等五人辦公室的文件，沒有一份有歸檔。

相關人士沒有証實是否五長辦公室文件都未歸檔，但據指出，在馬英九交接小組和總統府交接小組接觸至今，確實還沒看到總統辦公室的文件，歸檔列入總統府二局或機要室的文件紀錄。

總統辦公室安排的會談成永遠秘密

換言之，總統過去曾在辦公室會見什麼人，講過什麼話，即使是攸關國家安全的軍事會談，只要是總統府辦公室自行安排、自己紀錄，相關會議在二局或機要室查不到開會紀錄，在520陳總統離開總統府後，也就成為永遠的機密。

了解總統府運作人士指出，以日前有立委爆料巴紐案掮客金紀玖曾進入總統府會見陳總統一事為例，總統府事後曾對外澄清指遍查紀錄，沒有陳總統在府內接見金紀玖一事，但如果相關行程是由總統辦公室自行安排，扁政府卸任後，外界將無從查證真偽。

另一方面，外界關切到底有沒有「南線專案」一事，由於屬「總統對總統講」的國務機要費內涵，在馬英九、陳水扁交接前幾乎沒有機會再單獨會面下，也可能成為無法証實的機密。

此外，交接工作分總統府、行政院及國安單位部分，在國安單位方面，由於新政府的國安人事周一才公布，主要由學者出任的國安團隊成員現正忙於向學校辦公借調、聘任研究員及安全查核等問題，還沒有開始進行國安資料的交接，來不來得及在520前交接完成，時間將是最大的考驗。