『金木水火土』五行在中國傳統觀念，是構成天地萬物的五大元素。在中國醫學上，則分別代表人體做重要的五臟，『肺屬金、肝屬木、腎屬水、心屬火、胃屬土』。中國醫學非常重是五臟，亦即內臟與疾病之關連性，再以五行學說的相生、相剋闡釋其相關連性。 
本區所蒐集種植的藥用植物，是取其名稱之中有五行字跟的。如此歸納整理是為了方便民眾學習與記憶，並不是代表其藥效與中醫五行概念相符，而多與生長環境或與植株外觀有所呼應。例如：花色金黃的金銀花、鐵包金，木本的木芙蓉，生長在水邊、濕地的水蜈蚣、水丁香，果實成熟呈黑色如火炭的火炭母草、植株採取後容易發黑如火烘烤過的火烘，以土形容卑微的土人參、土丁貴等。