大陸當局選擇在賴清德總統就任滿一個月公布懲治台獨分子的「意見」，主要是針對賴就職演說的台獨自白宣言。儘管目標是鎖定懲治「少數台獨頑固分子」，但實質上是針對賴堅持「新兩國論」的具體回應。從就職演說到美時代雜誌專訪，再到陸軍官校校慶，賴依然定位兩岸為「中華民國與中華人民共和國互不隸屬」。
大陸對台政策固然強調兩岸融合及促統，卻在海峽論壇結束後，以迅雷不疾掩耳的發布意見方式，替代法律懲治台獨分子，其作用在於產生反獨促統目標，產生立即威懾效應，意圖遏制台獨政權發展及新兩國論擴散。大陸對台政策既強調硬的硬，也重軟的更軟。
首先，「意見」產生之嚇阻效果，具有對內宣傳及對外警示作用。對台政策強調反台獨及反干涉，既針對台獨分裂主義者，也要排除境外敵對勢力干涉。面對民進黨持續三屆執政，從蔡英文主張維持現狀到賴清德主張「新兩國論」，大陸當局須回應激進派及武統派訴求，打擊倚美謀獨、聯美抗中及以武拒統的民進黨政府及美日境外勢力，避免民進黨抗中路線過度鑲嵌於美國的印太戰略，甘願充當美國遏制中國的馬前卒。這顯示「意見」凸顯反制台灣問題國際化的目標，防止美日境外敵對勢力對台灣問題及兩岸統一造成阻礙。
其次，「意見」揭示對台司法管轄權及長臂管轄權運用。陸委會聲明回應意見，聲稱大陸對台灣「不具司法管轄權」，大陸法律對台灣民眾「毫無約束力」。從「意見」所提終身追訴、通緝、缺席審判檢視，大陸藉由意見展現對台司法管轄權，也對台獨頑固分子施加長臂管轄權，終身追訴，若兩岸統一將會遭刑事追究。
從另一角度來看，「意見」不僅藉由懲治台獨產生寒蟬效應，可消極減少支持台獨主張者；也能激發擴散效應，積極增加統一支持者、反台獨分裂者，擴大化支持兩岸和平統一的「統一戰線聯盟」社會基礎。
最後，「意見」強力遏制去中國化及「新兩國論」發酵。對比歷屆民選總統就職演說，李登輝早期倡議國家統一、兩岸中國人及同屬中華民族；陳水扁則提出「四不一沒有」、兩岸「未來一中」、建立兩岸特殊關係，宣稱同文同種。蔡英文提出維持現狀，提及文化血緣關係。扁與蔡皆無倡議統一，僅提兩岸人民尚存文化血緣淵源。
至於賴清德就職演說中，不僅沒有國家統一願景，也無中華民族認同。就職演說未像蔡英文提及兩岸人民關係條例，也無論及兩岸人民歷史血緣關係，朝向去中國化及去中華民族認同方向發展，更在兩岸定位上往「新兩國論」推進。
賴主政下的兩岸論述，可謂是構成台灣安全明顯而立即的危險，自陷安全困境。同時，民進黨也強化批判藍白為大陸「在台協力者」、被統戰的力度，加深台灣社會和政黨互不信任、對立及衝突，這將形成內憂外患的兩岸政策治理結構。
