羅卓英1937年12月 – 1938年1月 南京保衛戰
撤銷: 1938年1月
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重新組建: 1939年1月
陳儀1939年1月 – 1941年9月 1939年冬季攻勢
1939年3月奉令組建，該集團軍司令部兼屬閩綏靖區，首任集團軍總司令由閩綏靖區主任陳儀兼任，下轄陳琪的國民革命軍第100軍、陳儀兼任司令的福建保安司令部和李世甲為司令的海軍馬尾要塞司令部，屬抗日戰爭第三戰區指揮管轄，擔任福建沿海等地對日作戰任務，曾參加過抗擊日軍入侵廈門、福州的戰鬥。
劉建緒1941年9月 – 1942年3月 無
撤銷: 1942年3月
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重新組建: 1942年7月
李覺1942年7月 – 1945年10月 無
1943年初，負責閩海防務的部隊取消集團軍番號，第二十五集團軍番號轉給第三戰區在浙江的部隊，李覺任第二十五集團軍總司令，下轄丁治磐的國民革命軍第26軍和王鐵漢的國民革命軍第49軍。後該集團軍的部隊參加了衢州等地的作戰。
1945年10月撤銷
