對於菲律賓總統艾奎諾三世日前表示，在解決廣大興漁船事件後，願意和鄰國進行漁業協議協商。馬英九總統在接受電視台專訪時肯定這是正面的發展。他並表示，這是避免類似事件再度發生的最好、也是唯一的方法，所以可以跟調查分開，不必等到調查完再談。

　　廣大興號事件尚未解決，台菲關係緊張，但傳出菲律賓方面願意與鄰國談漁業協議。總統在接受專訪時表示，為避免類似事件再度發生，台菲漁業協議可以和事件調查分開，不必等到調查完再談。

　　總統：『(原音)這是面對未來、避免未來再發生類似事件最好的、也是唯一的方法，就是雙方能夠談出一個漁業的協議，就像4月間我們跟日本簽的一樣。這其實可以跟那個調查分開，一個是處理現在發生的個案，一個是處理預防未來發生。不管怎樣，我覺得能夠洽談漁業協議是個正面的發展。』

　　不過，總統仍堅持政府對菲律賓提出的4項要求，他強調，由於是菲律賓公務人員開槍掃射，菲國政府當然應該正式道歉及賠償，這是態度問題；中華民國政府提出的4項要求也符合外交慣例，合情合理。

　　要是菲律賓以「一中原則」為由不道歉，總統認為這只是藉口，台灣無法接受。