防火長城與金盾沒有關係，兩者涇渭分明，有很多區別，可以簡單總結為以下幾點:

政治層面上:

1.     防火長城主要是宣傳系統的工具，而金盾主要是公安系統的工具。

2.     防火長城的最初的主要需求來自各610辦公室；而金盾的主要需求來自公安部門。

3.     防火長城主外，作網路海關用；而金盾主內，作偵查取證用。

而在技術層面上:

1.     防火長城依附於三個網際網路出口，中國國內交換中心進行入侵防禦，再擴散到一些放在ISP那裡的路由以達到封鎖 IP與部分網站的效果，位置集中，裝置數量少；而金盾則是進駐各大交換中心資料中心，無處不在，數量巨大。

2.     防火長城的科研實力雄厚，中華人民共和國國內研究資訊安全的頂尖人才和實驗室有不少在為其服務，比如哈工大的資訊安全重點實驗室、中科院計算所、北郵；而金盾的科研實力相對較弱，主要負責研發維護工作的公安系統的公安部第三研究所信息網路安全研發中心、國家反電腦入侵與防病毒研究中心都缺乏科研力量和科研成果。

3.     防火長城之父方濱興沒有參與全國公安工作信息化工程，工程院裡支援全國公安工作信息化工程的是沈昌祥。