二代健保上路後，健保署發現保險業務等高佣金的行業較多人高薪低報健保費，據了解，健保局兩年要追回約6億元保費，而健保費政府依法將補助40%，因此，勞動保險司司長石發基強調，未來會依法配合健保署開單作業進行補繳補助部分，不會欠繳健保保費。

民國84年全民健保開辦後，健保費收繳目前依據民眾職業類別，分類為6類15目，而勞動部也補助40%。通常投保金額級距應該要高於薪資，與但有些人利用巧門，選擇對自己有利的方式投保，高薪低報其級距金額，導致至健保費短收。

勞動部強調，勞動部每年依健保署請款，配合編列預算撥付健保費補助款，若健保署查核勞工健保投保薪資情事，而須政府相對因應補繳保險費，在今年開單作業後，104年就可補列。

依全民健康保險法規定，職業勞工及其眷屬全民健康保險費由中央政府補助40％，自84年全民健康保險開辦起，勞動部即配合編列預算補助中央政府所須負擔的健保保險費，以保障勞工參加全民健保之權益。

同時，勞動部也由衛生福利部中央健康保險署核計，負責編列預算補助之保險費，並於每年1月15日及7月15日前送請勞動部預撥，又如有撥付不足，勞動部也將於當年12月底前，送請於次年1月撥付。