總統府清查發現陳水扁總統八年任期內,共有2萬6000件公文遺失。早在2008年3月,國民黨立委江連福首先發現陳水扁卸任前大量購買碎紙機,動機可疑。後來經過國民黨立委張顯耀繼續追問國安局、調查局、國防部,這些敏感機關清查發現,許多機密公文都被陳水扁辦公室拿走,沒有歸還。
2004年3月國防部爆發鐽震弊案後一個月,江連福調查發現,總統府與國防部異常大量採購昂貴碎紙機。2008年4月,張顯耀質詢總統府為何採購57台碎紙機,總統府新舊碎紙機總共有123台,當時總統府編制員工共359人,大約每三位總統府員工分配一台碎紙機,實在不正常。
當時總統府宣稱因為碎紙機規格與國防部相同,國防部的碎紙機裁碎的紙可以拼湊回來,可能有洩密之虞,才會採購新式碎紙機。但經過張顯耀示警後,國安局、調查局、國防部都在2008年5月20日過後,深入清查發現,有許多機密檔案被陳水扁帶走。
張顯耀說,這些遺失的機密檔案除了國防、外交機密外,還有一些是過去陳水扁動員情報單位調查政黨人士個人隱私的資料,也有許多是司法案件的偵辦資料,不知道陳水扁拿去作什麼?目前這些檔案都不知道在哪裡。
規定公文檔案保存的檔案法雖在民國88年立法,卻到民國91 年才正式施行。草率處理公文檔案不只是陳水扁,李登輝卸任總統後,曾有人發現大量蔣中正總統時代的極機密、機密等級公文,其中還有反攻大陸的許多資料,都被裝在麻布袋裡準備丟掉,後來在倉庫裡被人發現,趕忙送交給國防部保存。
陳水扁任內遺失的公文中,有些是外交密抄,可能牽涉許多外交秘密經費使用情況,像過去日本某位知名獨派大老什麼事情都沒做,卻每月領取駐日代表處巨額金錢,都記錄在密抄上面。還有部分款項,是交給國外特定對象,但是用途是公是私,我方完全不過問。