生殖器疣的存在在女性身上並不總是顯而易見的。看不見的生殖器疣可引起與月經無關的出血。可能有白帶或只是在肛門、外陰或陰道表面瘙癢。在肛門生殖器部位會有增高的疣或呈菜花狀的增長物，並且在宮頸和肛管內可能會出現增長物。

讓醫生診斷生殖器疣很重要。一切似乎是由生殖器疣引起的症狀不一定是由生殖器疣導致的。只有正確診斷才能確保正確地治療生殖器疣。其他與生殖器疣類似的狀況包括：

鮑恩病：這是一種出現在外陰、陰道和直腸濕潤表面的較大癌症增生物（鱗狀細胞癌）。

扁平苔蘚：這是由免疫系統本身引起的疣狀增生物，常見於感染丙型肝炎後。

梅毒：它會在出現生殖器疣的同一身體區域引起皮膚和黏膜出現大的無痛乾燥的紫色斑塊。

皮脂腺增生：這是一種黃色的、疙瘩大小的皮脂腺汗腺過度增長，也可以在手臂下和乳房周圍的乳暈發生。

通過對人乳頭瘤病毒（HPV）進行活檢和測試通常可以確診生殖器疣，因為這種病毒能夠導致疣。有超過80種不同的HPV亞型株，只有其中四個可以由Gardasil疫苗來預防。如果不幸感染了HPV病毒，對疣的治療應該及時，以免造成更多的傳播和感染。