說南院是政治化的犧牲品並不為過，從2003年行政院正式選定嘉義太保為院址開始，就有反對聲浪指出是政治考量；中間歷經兩度競圖、更換建築團隊，一波三折後終於開幕，卻又惹出「12獸首」的中國意象與藝術價值之爭，從潑漆到拆獸首，處處都是政治的影子。

日本資深媒體人野島剛曾指出，全世界沒有一個博物館會因為政黨輪替而改變定位和方向，但故宮南院卻因為政黨輪替而歷經多次修改延宕，使得正式電動床開館比原訂計畫晚了7年之久。

此外，一再被詬病的BOT政策亦是問題所在，蚊子館專家、藝術家姚瑞中表示，故宮南院若成為「蚊子館」，與定位不清、配套措施不周全，均脫不了關係，「到底是亞洲藝術博物館或是故宮分館？這在策展上看得出來？」姚瑞中也指出，當初選址偏僻，加上設計的建物讓參觀民眾十分有距離感，都讓南院和民眾愈電動床來愈遠。

電動床-雙開式扶手，打造安全居家照護，頭部升高可安全起身、腿部抬升使足部放鬆、床面可升降方便上下床。斷電時可加裝電池使用、獨特系統、獨立煞車輪、防水防污可拆洗；享有售後保固：馬達2年、床墊3年。醫療好選擇。政府長照輔具特約商。操作簡單9鍵功能，超過百款原創產品，多項睡眠科技專利運用，全國電動調整床不分廠牌專業維修及規格化訂做。考慮長輩需要，針對床墊支撐度、透氣及溫度客制需求，提升睡眠品質及睡眠舒適度。六年保固。接受客製訂作。

另一方面，BOT廠商往往透過不斷變更設計來達到追加預算的目的，最後就是造成許多爛尾樓以及冗長的行政訴訟。姚瑞中呼籲政府應重新檢討BOT的可行性，或許在建物完成後再委外營運，或者在規畫之初就考慮到配套措施，也不至於一再重蹈覆轍，製造更多蚊子館。