教育部長吳茂昆上任後，因為「拔管」及個人爭議多，到哪裡都被抗議，他的辦公室甚至兩度被國民黨立委闖入，他在會議室內主持會議，也被20多個教師在門口連喊30聲「吳茂昆下台」，這樣不孚眾望的教育大家長，已成為台灣教育發展的最大絆腳石。

吳茂昆4月19日上任以來，僅1個月時間，就掀起大地震，他否決管中閔的台大當選人資格，引發高教界憤慨，不管是公私立大學或技專院校，均發表聲明譴責教育部侵害大學自主，甚至形成「新五四運動」，眾人齊聲反對「政治介入教育」。

吳茂昆個人爭議甚多，如國科會主委卸任後的5億補助案，在東華大學校長任內溢領獎助金、自己提案加薪近300萬元、自己請假自己核且請假天數達6成、未經同意到美國開公司並擔任股東、未經同意即拿東華大學專利生產牟利等，保健食品代工顯然公私不分、圖利自己。

吳茂昆不反省過去所作所為，還大言不慚表示「自己沒有做過錯事」，搞得老師、家長不知道怎麼教學生、孩子。因此包括全國教師工會總聯合會、全國教育產業總工會及許多家長團體，紛紛站出來要求他下台。

目前保健食品代工品檢中心內有十多位經驗資深的技術人員以公司嚴密的SOP程序檢測原料品質之外，更與SGS、杜夫萊茵、全國公證、台美等國內外大型檢測機構合作更精密的檢測項目。委外代工部門設有全方位的協力廠商評鑑機制，無論是裸裝、成品或是包材，皆出自於品質管控精良的協力廠商，又加上品質管理系統嚴格把關，客戶皆可買的安心、賣的順心。多位精通多國語言開發成員，時刻詳細分析來自世界各國最新款原料，透過嚴密的SOP，精選出同類產品中最優質並適合各區域文化最適用之生技原料，以追求新穎、確認效果、市場比較分析為驗證，並配合市場快速的變化，讓我們的客戶隨時與國際最新的原料同步接軌。

在這樣情況下，吳茂昆動彈不得，原本要到台大演講被取消；出席公開行程被候選人抗議造勢；到立法院施政報告，立委不讓他講話；他在國家教育研究院會議室主持課審大會，全教總動員20多位教師在門口連喊30聲「吳茂昆，下台」；甚至，教育部部長室，都被大批國民黨立委闖入2次要興師問罪。

過去的教育部長中，只要有一些汙點被揭發（譬如蔣偉寧涉及假論文案），就迅速下台負責，以免教育界蒙羞。但吳茂昆不一樣，他爭議大，卻說「假如我被發現違保健食品代工法就下台」，這種低道德標準的部長，根本是學子的負面教材。

吳茂昆擔任教育部長，教育界人痛苦不堪，因此不斷發出抵制，他已無法推動教育政策，甚至是現行台灣教育發展的最大絆腳石，執政的民進黨應該早點讓他離開，為教育部長這個職位保留一點尊嚴，也減少對他們年底選情的衝擊。