2010年1月21日監察院公布了「國防二法實施之成效與檢討」所做的專案調查研究新聞參考資料，提出28項結論與建議，除函送行政院及國防部研究參考外，並送請總統府及國安會參酌。監察院針對國防二法執行情形進行專案調查並不是首次，96年即針對國防二法實施後國軍建立文官制度現況提出相當深度的研究檢討，前後兩相比較可知近年來國防部進步幅度乏善可陳。

國防二法制定之重要精髓，即在於確立台灣國防軍政、軍令、軍備三體系之專業分工、文人領軍及一元化領導，其基本的作法是透過國防組織法制化，以建立「文人統御」的指揮領導體制，並達成軍政與軍令系統的一元化模式。而藉由「文人統御」機制，使文人部長具有專業素養，並重視文官培訓、升遷、考核等，以貫徹文人新思維、新觀念，創新、活化國防事務之工作推展，達成「文人領軍」政策及「全民國防」理念。不過，自91年3月1日起施行至今近8年，不僅未能落實文人思維改革國防文化與體制之目標，國防部內實質文官員額更從未達到法定規定編制員額之三分之一。

此次調查報告再次指出國防部多年來的若干問題：一、軍職退役轉任文職應於相關法令中明文規範一定年限之限制；二、近年來國軍衍生的不正風氣及弊端，高階領導階層應展現魄力與決心進行革新；三、三軍聯合作戰機制仍存在指揮運作上的問題，而國軍軍事建案在軍種提案與聯參審查過程上，仍有嚴重的軍種本位主義；四、國軍軍事教育經費相對偏低；五、基層作戰部隊員額官裁減空間有限，未來國軍組織調整與員額精簡應從高司單位開始著手；六、做為文人國防部長左右手的戰略規劃司及整合評估室之主官任期過短應力求穩定；七、對國軍在國際視野的揮灑空間有待加強。

近三年來，個人多次闡述國防法設立「文人部長」的用意，並不在於「一人領軍」，主要期望藉由文人部長主導建立「國防文人體制」與「文人思維決策模式」，來激盪改變軍職長久保守僵化的思維及官僚決策體制，只更換一個文人部長，是很難達成原先所期望軍事事務革新的目的，所以必須由文人部長帶領一批有組織分工明確具專業能力的文人團隊參與國防決策事務，才是致當有效的方法，只不過要能夠組織起這樣一個團隊，面對的阻力與困難可不小。

國防部組織架構除軍令部門外，軍政(如戰略規劃司、人力司、資源司、法制司、軍法司、整合評估室與督察室等)、軍備局與教育體系(國防大學與三軍各院校)等之一級主管都可遴選民間至專業的學者或文官來擔任。以國防部戰略規劃司以及下轄的戰略研析處、國防政策處、建軍規劃處與軍制編裝處為例，司長與處長均可由純文人擔任，如戰略研析處若任用無國際關係領域與學術研究能力的將領又豈能夠勝任此職務。