對於國民黨有意將中選會改為政黨比例制，黃石城認為不只違憲，也表示中選會已失去公正性，才會淪為政黨角力戰場。他也坦言在野黨會有此想法，是因「總統任命的成員已無公正性，偏向執政黨，如果總統任命的人不中立，顯示總統人格有問題。」

至於政府希望透過選務設計「衝高投票率」，黃石城直言，不投票是人民的自由，政府獎勵不投票的人去投票，也是一種賄選，可惜二○○五年任務型國代怕投票率低，竟提供一百萬元摸彩獎金，有違自由選舉原理。

回顧二○○四年大選，黃石城坦言「公投綁大選」藍營反對、綠營堅持是各懷鬼胎，「檯面上的人，尤其讀法律的更該知道何謂公道正義，如今只知道私利、黨利，如果私心那麼重，開始就不必讀書，也可以當大富翁，還不必作到那麼卑鄙那麼絕！」

他回憶，中選會當時主張公投、大選分開領投票，政院卻執意將動線合為一，他為此不惜在中選會四次表決，還曾當面向前院長游錫堃請辭。

黃石城表示，不料隨後投錯票匭算有效、無效票的認定爭議又起，中選會認為因已分開投票動線，絕不可能投錯，但政院執意算有效票，「不知他們作何想法」，此做法如選舉票數差距小，勢必很容易引起作票質疑。

黃透露，直到三月十一日選前一周，游錫堃還為有效票認定問題把有關首長開會找去政院開會，而為堅持立場，他一見到前政院秘書長劉世芳就說，「我從今天起進加護病房，能否挺到三月廿還未知」，劉不懂反問「你那麼健康怎麼會？」與會人員才告訴她黃石城的意思是不惜辭職。

三月十一日下午六時，情治單位一致認定投錯應屬無效票，否則會發生動亂，情況才急轉直下，黃石城感慨，「勝負是別人家的事情，中選會應不問黨派更不問大官顯要。」

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