接下綱手分派的任務後，鳴人和小櫻、大和為了追捕逃亡忍者「百足」而來到了位於砂隱的廢墟「樓蘭」。原來百足的目標是沉眠於廢墟地底深處的「龍脈」。為了和百足一決勝負，鳴人前往廢墟的最深處，沒想到卻被百足解開龍脈封印時所釋放的能量所吞噬…

鳴人穿越時空回到了過去！

當失去意識的鳴人再次清醒時，映入眼簾的是從未見過的景象。這個從沒見過的城市被無數座高聳入雲的高塔所包圍著。雖然無法理解到底發生了什麼事，鳴人還是決定繼續尋找百足，在半途中，他和這個城市的女王“薩拉”相遇了。鳴人因此得知，這裡是極繁榮時期的「樓蘭」之城！年輕的女王深受著人民的愛戴，城市裡也十分的和平。然而，此時卻流傳著一個可怕的傳聞，據說，神秘的安陸山大臣正在製造恐怖的武器…

湊告訴鳴人「6年前，也曾經突然冒出過一個跟你一樣來自未來的忍者。」沒想到，安陸山大臣的真實身份竟然就是百足！他隱藏自己的真實面目、儲存精力，企圖在這個時代中再次對龍脈下手！第三代火影猿飛蒜山得知這個消息之後，便向波風湊、秋道丁座、油女志彌以及旗木卡卡西組成的四人小組下達命令！飛躍於千層高塔之間的忍者們與百足所操縱的傀儡軍團的生死之鬥。讓人目不轉睛的超快速動作！鳴人、薩拉、以及波風湊等人的戰鬥就此展開！

火影忍者電影史上首度上映「特別篇」

《火影忍者微風傳 鳴人、魔神與三個願望》。

第七班的勇姿再現！謎樣魔神大活躍！？

今天卡卡西主辦了一場烤肉派對！

雖然平常大家互為競爭對手，但此時，和鳴人同時期的忍者們也還是齊聚一堂了。看來這場友好聚會的氣氛還挺不錯的…

後來，鳴人、佐助和小櫻這三位同組的夥伴在吃烤肉時，努力找著烤肉醬的鳴人卻意外發現了一個埋在沙裡的壺，更神奇的是，壺裡竟然蹦出了一位魔神(自稱)！鳴人他們相信這個就是傳說中可以實現三個願望的魔神，但他們卻為了無意義的事浪費掉兩個願望！！

同期的對手們在得知魔神之壺的秘密之後，便和他們展開了充滿夢想和野心！？的爭奪戰！！

最後，究竟是誰能夠實現第三個願望呢？