2006年，面對社會對陳水扁貪腐的質疑，柯文哲對記者表示自己依然堅定挺扁，並強調：「我不是淺綠，而是墨綠（即深綠）。」

2010年12月1日，柯文哲再次公開對記者表示，自己是深綠。 柯文哲每逢選舉，必定投入綠營造勢場合。

2012年6月20日，柯文哲等人組成陳水扁醫療小組，會診後判定陳水扁在獄中身體轉差，因此擬說帖，拜會社會賢達及醫界人士尋求連署，要求將陳水扁即刻保外就醫。2013年5月10日，柯文哲參加「凱達格蘭基金會八週年募款餐會」時，在會中表示陳水扁被關，就是「政治迫害」。9月20日，柯文哲與凱校執行長到監察院陳情，要求讓扁保外就醫。

柯文哲為資深扁友會成員。2000年，柯文哲擔任陳水扁競選總統台大醫院後援會召集人，除動員醫師力量捐獻大筆金錢，甚至為輔選請假半月。^[2003年，陳水扁於總統任內創立凱達格蘭學校，以培養綠營菁英份子，但2008年陳水扁涉貪瀆案下台後，凱校停課3年。2012年11月凱校恢復招生，由扁系立委高志鵬擔任輔導長，柯文哲也參與當學生，於11月30日結業。

2012年11月30日，柯文哲在凱校結業演說中表示，阿扁貪瀆案有「先押後審」、「押人取供」、「一再延押」、「中途換法官」、「傳訊3歲孫女」、「教唆證人」等六大政治迫害事實。

2013年5月11日，柯文哲參加「908台灣國」聯盟所發起的「511新國名運動大會」，支持該聯盟提議的「台灣共和國」新國名，並制定台灣共和國新憲法。柯在會場痛批「台灣」、「中華民國在台灣」、「中華台北」等國名已讓國人精神混亂，認為「正名」、「制憲」是台灣迫切要解決的2個基本問題。柯並說國民黨把台灣當旅社，「直接在床上大便就跑掉」，不想永遠待下去。 柯文哲與支持者參與撕毀中華民國身分證儀式，並與袁紅冰教授共同擔任現場貴賓。(參選條件沒身分證是不能參選的)

2013年11月，柯文哲在救扁晚會中說：「扁已經是廢人了」，引起扁不悅，在陳唐山等人探望時，扁還拿報紙逼問：「我真是廢人嗎？」陳唐山事後痛斥柯文哲：「阿扁有重度憂鬱、有自殺紀錄，你說阿扁是廢人，他不想活了怎麼辦？」柯表示以後會檢討發言。

2013年12月8日，柯文哲參加台北市議會前的挺扁活動，表示他若選上市長，就是放扁出來的最佳機會。

 
2014年1月3日，柯文哲說昨日探望陳水扁時，扁連100-7都算不出來，代表智力已衰退，因此須立刻出獄。他向馬英九喊話：「善待敵人、俘虜是文明社會的象徵，陳水扁案如何處理才符合社會最大利益，總統馬英九真的不知道嗎？搞成這樣，是在幹什麼？」

2014年1月18日，柯文哲到希望工程協會演講，針對柯文哲極力救扁出獄，有聽眾嗆：「他不是真的神經病，他是裝，他懂得法律漏洞，知道如何搞鬼」，聽眾認為不只扁該關，扁嫂也該關。柯文哲說雖然不該在外洩露扁病情，卻透露扁上週在獄中跌倒又骨折，「他關死掉的危險度，與回家死掉的危險度其實是一樣；但是在監獄中死掉會造成社會混亂，回家死掉算陳致中的帳。」

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原作者的評論:

作者比誰更了解藍軍，因為藍軍是不會支持挺扁的人，素人又怎麼樣，早在之前文章說過作者從藍轉紅跟作者頂頭上司老k由綠轉紅都再清楚不過，除了假藍軍(綠色橘子)宋楚瑜這系之外。(用屁眼都猜的到柯文哲臉書18日po文是啥)

奉勸藍軍朋友不要用個人喜惡不支持連勝文而賠上臺灣未來及兩岸和平。

作者也不認同連挺關說，但絕不想讓柯文哲當選。
另外請問親民黨議員林國成你們宋楚瑜向來強調中華民國主權性跟主體性，由其是訪問在中國大陸特別強調這點，是否承認中華民國存在，挺獨派不承認中華民國的柯文哲是何居心?