1901年2月23日，頭山滿、內田良平等人在原玄洋社基礎上於東京組織成立黑龍會，目的在於謀取黑龍江流域為日本領土，其會名即從黑龍江而來。內田自任首任「主幹」，聘頭山満為顧問，創建會刊《黑龍》。
早年目標是與俄國開戰，霸佔中國東三省，並逐步控制蒙古和西伯利亞。在此目標下，黑龍會一度與孫中山等革命黨人展開合作，圖謀推翻中國清朝政府。1905年7月30日，在黑龍會斡旋下，各派中國革命組織在東京黑龍會總部共同成立中國同盟會。
日俄戰爭後，黑龍會與日本軍方緊密合作，先後參與鎮壓米騷動和關東大地震後屠殺朝鮮僑民。
1931年九一八事變之後，改組為大日本生產黨，支持軍部，鼓吹戰爭。1934年，內田良平因捲入昭和神聖會事件而被迫淡出黑龍會，改由頭山滿主持黑龍會。
二戰結束後，被定義為極端右翼組織。1945年9月13日，遭盟國佔領當局解散
根據李敖提出的歷史資料，1898年7月，孫文由宮崎滔天引介，於東京拜會黑龍會內田良平；據內田回憶，孫文曾表示：「原來吾人之目的，在於滅滿興漢，至 革命成就之曉，即令滿蒙西伯利亞送與日本亦可也 。」；內田良平一聽孫文此言，認定孫文為「非尋常之人」，遂與之訂下援助之約 。
1906年，孫中山曾遊說日本朝野人士，聲稱：「滿蒙可任日本取之，中國革命目的在於滅滿興漢，中國建國在長城以內，故日本亟應援助革命黨。」
1907年，伊藤博文就清朝慶親王奕匡要求日本將孫文驅逐出境一事，與內田良平商議時，內田曾提到孫文可資利用之處為：「孫文自前年以來，向我朝野諸人遊說，言日本若能援助支那革命，將以滿蒙讓渡日本 。」
孫文為求日本朝野援助革命，曾主動表示要將中國東北交給日本經營之意。1911年7月16日，孫文致函宗方小太郎：「我將日本視為第二個祖國。只是，近來我國青年志士常誤解日本經營『滿洲』對中國不利，真是令人遺憾
1912年元旦，南京臨時政府成立後，身為臨時大總統的孫文，偕同秘書長胡漢民同三井財團代表森恪及宮崎滔天、山田純三郎會談。會談前，森恪等曾 得到先後出任首相的日本政界元老桂太郎、山縣有朋等授意，冀圖與孫文等革命黨人訂立密約，使東三省歸日本所有。會談中，孫文表示：「當此次舉事之初，余等 即擬將滿洲委之於日本，以此希求日本援助中國革命。」；日本政府如能「火速提供資金援助」，「余或黃興中之一人可赴日本會見桂公，就滿洲問題與革命政府之 前途，共商大計。」森恪在會談當天下午6時還發出一封經過孫文、胡漢民修改的致日本有關人士的特急電報，內稱：「關於租借滿洲，孫文已表應允……如能在漢 冶萍公司5百萬元借款之外再借與一千萬元，則孫等與袁世凱之和議即可中止，而孫文或黃興即可赴日訂立關於滿州之密約。」；此事一波三折，最後因日本陸軍大 臣石本新六的反對沒有辦成。原因是：「按照日本軍部的擴張主義分子的觀點，在中日、日俄兩次戰爭中，滿洲是日本人為之拋灑珍貴的鮮血的地方，理應享有一切 權益，而無須以金錢收買。」
從1898年起至1923年止，包括與森恪的談話在內，類似的記錄共10條，交涉對像包括首相、陸軍參謀總長、政壇元老、財閥等等。
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