衛福部疾管署去年全面更換新型日本腦炎疫苗，可讓嬰幼兒少挨一針，但新型的日本腦炎疫苗是「活性疫苗」，施打前要和MMR三合一疫苗間隔28天，不過彰化縣多達186名幼兒，施打兩種疫苗的間隔時間低於28天，因此他們全都要再補打一針。

換新疫苗是為了防疫更周全，但衛教宣導不夠，導致施打時程重疊，小孩多挨一針還降低日本腦炎疫苗效力，疾管局要監測全台施打狀況，除了確保安全也避免浪費疫苗。