在遙遠的一座大陸上，有許多人類和神奇寶貝居住於此，並和平生存著……

卻因為黑暗神奇寶貝-達克萊伊的破壞而使整個大陸陷入惡夢之中;在緊要關頭之際，一位神秘的旅者帶著克雷色利亞前來，並與達克萊伊對抗。終於在最後將達克萊伊擊倒,並與奄奄一息的克雷色利亞一起封印在祭壇之中。相傳在1000年後，達克萊伊與克雷色利亞就會再度甦醒……

一位來自真新鎮的訓練家-小智，與他的皮卡丘一同來到了這個大陸-索伊地區。

小智:「哇!終於到了，這裡就是索伊地區吧!」小智一下子就從船上衝下來，並帶著興奮的語氣「好了，皮卡丘!這裡就是旅程的起點……」皮卡丘也順著風伸了懶腰。

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一位來自雙葉鎮的協調訓練家-小光，與她的夥伴波加曼正慢慢的走下船。

小光:「波加曼，慢一點啊!」小光這麼喊著，但走在面前的波加曼已經走到了陸地上，小光也跟著波加曼到處散步「這裡應該是普托市的港口吧?」而波加曼卻好像注意到了什麼，馬上向著反方向衝去。

小智:「皮卡丘，怎麼了嗎?」皮卡丘也注意到了動靜，朝著反方向看了過去;小智忽然發現一隻波加曼衝來，而皮卡丘也跳下小智的肩膀並走向波加曼。

皮卡丘:「皮卡?皮卡皮、卡丘!」皮卡丘一見到波加曼先是疑惑了一下卻又開心的叫喊，而波加曼也是同樣的情況「波加、加!」此時小光正好跑來與小智對望。

小光:「你是……小智?」小光問著，而小智也看著小光「是小光嗎?好久不見了!」兩人同時舉起了手並擊掌;小光又對著小智說「已經好久沒有碰面了……對了，你也是來修行的嗎?」小光將在地上的波加曼抱起，而皮卡丘也跳回了小智的肩上。

小智:「嗯，從大木博士聽到了這裡的消息就趕過來了，妳也是吧!?」小光點頭回應，而船鳴的聲音開始響起，也代表著船要啟航離開普托市……。

小光:「那麼……小智你的目標是碧茵市吧!」小光看了看波加曼又看向小智說，而小智則回應「原來小光妳也要去碧茵市啊!那正好，就一起旅行吧!跟在神奧一樣。」小光則是愣愣的看著小智「也是可以啦……不過華麗大賽會館和道館的位置相差很遠，所以……。」小智打斷小光的話「既然要一起旅行的話，到越多地方當然是越好啊!對吧，皮卡丘!」皮卡丘對著小智笑著回應。

小光:「那麼，現在就出發吧!以各自的目標努力吧!」小光對著小智喊出自己的宣言，而小智對著小光「好!朝著碧茵市，出發……咦?」此時站在小智與小光面前的正是一位來自帷幕市的訓練家-真司。

小光:「真司那傢伙果然來了……」小智看見真司後便走上前「真司，沒想到你也來啦!」肩上的皮卡丘也朝真司望了過去「皮卡、皮!」，而真司身後跟著的是實力不可小看的主力-電擊魔獸。

真司:「既然都見面，也都打過招呼了。那就來一場對戰吧!讓我看看你的實力有沒有退步……」真司身後的電擊魔獸也蓄勢待發，而小智大聲的回應真司「當然!我絕對奉陪!」真司聽完後冷笑一聲「哼!果然……。那麼就決定是在普托市的神奇寶貝中心的對戰場地開始，我在那裏等你……。」真司慢慢的離去，而電擊魔獸朝皮卡丘看一眼後也跟了上去。

小光:「真是的……。」小光抱怨著，但小智早已跟了上去，留下小光在後面追趕。

來到索伊地區的小智等人，意外與真司相遇並且將要展開一場戰鬥。究竟小智一行人在索伊地區將會有什麼樣的旅程呢?

下集待續