引發兄弟歧見的本土疫苗議題，陳培哲解釋，他並非說蛋白質次單位疫苗不好，重點在政府決策風險評估出問題。在mRNA、蛋白質、去活化病毒與病毒載體幾種疫苗技術中，蛋白質分子很嬌貴，很難純化。美國補助Novavax 16億美金，至今第3期還沒通過審查，另外2家全球前10大的生技大廠葛蘭素史克（GSK）與賽諾菲（Sanofi）拿了21億美金合作研發，進度更慢，到6月才做到第三期臨床實驗 。
「蛋白質次單位不是不好而是太慢，太慢就不符合現在緊急狀況需要。」但政府3個疫苗補助都是給做蛋白質次單位的廠商，這是沒有風險評估造成的決策錯誤。陳培哲說mRNA和病毒載體較困難，但至少可以選擇蛋白質次單位與去活化這兩個平台。他質疑，到底民進黨政府在科學決策裡有沒有真正的專家。
如果篩檢出新冠肺炎患者，立刻打新冠單株抗體，可以減少5到6成死亡率。這我很早就講過了。那些生命是可以挽救的，你就知道我的挫折有多深。
其實陳培哲是受到政府邀請、參與疫苗決策的專家，除了已辭掉的國產疫苗審查專家會議委員，他還是疫情指揮中心研發組成員。這個小組由國衛院院長梁賡義召集，大概每周開1次會，陳培哲說這1年多來參加了約50多次會議，但充滿挫折感，「我提出的意見沒有一件他們去做，只有我很早就提出的單株抗體最近才開始做。他們之前充耳不聞，這代表這個指揮中心的科學判斷與能力不足。」
「我說民進黨政府不信任科學不是無的放矢，是我親身的經驗。」陳培哲指出，另一個疫情指揮中心不夠科學專業的地方是「核酸檢測方式」。美國食藥局（FDA）有一套檢測系統，但台灣的疾管署（CDC）卻自己弄另外一套，沒自動化、量能少又不凖，專家建議應採FDA的系統，但指揮中心根本不聽。「這次中國廣州疫情爆發，1000多萬人1個禮拜做完採檢，用我們手動方式要做到哪一年？」
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