地上權消滅之事由很多種，大略例舉下列幾種方式最常見之型態，分述如下：

（一）所有權與其他物權混同

　　民法第七百六十二條規定，「同一物之所有權及其他物權，歸屬於一人者，其他物權因混同而消滅。但其他物權之存續，於所有人或第三人有法律上之利益者，不在此限。」例如，甲將土地供乙在上面種植水果，設定地上權予乙，嗣候，乙向甲購買上開土地成為該土地所有權人，乙同時擁有該筆土地的所有權和地上權，此時，乙原先之地上權因混同而消滅。

（二）所有權以外物權之混同

　　民法第七百六十三條第一項規定，所有權以外之物權，及以該物權為標的地之權利，歸屬於同一人，其權利因混同而消滅，民法第七百六十二條但書也適用。例如，甲利用其地上權幫子乙之債務設定抵押權，不久後，甲過世了，乙繼承其父親之地上權，此時，抵押權因混同而消滅。

（三）拋棄

　　權利人可以任意拋棄，惟拋棄地上權時應注意，民法第八百三十四條和第八百三十五條明定拋棄權行使之限制和應盡之義務。民法第八百三十四條第一項『地上權未定有期限者，地上權人得隨時拋棄。但另有習慣者，不在此限。』。民法第八百三十五條『地上權係有支付地租者，拋棄權利應於一年前通知土地所有權人，或是支付未到期之一年分地租。』。且拋棄後還須至地政事務所塗銷當初之地上權登記，始發生拋棄效力。

（四）存續期間屆滿

　　地上權期限屆滿後失效是否還須經過塗銷登記這一程序？按實務見解，地上權之消滅係既依民法第一百零二條第二項之法律規定而生，故不待登記，當然生消滅效力。

（五）當事人雙方合意終止

（六）積欠地租達二年總額，依法撤銷地上權者

　　依民法第八百三十六條規定，無其他習慣時，地上權人如積欠之地租達二年之總額者，土地所有權人可以撤銷其地上權。又依據司法院院解字第三四八九號解釋，地上權人縱積欠之地租已達二年之總額，但仍須經定期催告之動作始可終止地上權。

（七）因土地重劃而消滅

　　平均地權條例第六十四條，農地重劃條例第三十一條、三十二條，和土地重劃辦法第二十二條、第二十三條都有明定，地上權若因土地重劃而無法達到設定之目的，則地上權視為消滅。

（八）他人因時效取得地上權者

（九）約定消滅事由發生

　　上述之消滅事由係法律所明文規定，其他可能使地上權消滅之事由，還包括雙方當事人間契約之約定。不論約定之消滅事由為何，都須至地政機關塗銷登記始發生消滅之效。