當時行政區域劃分三府、十縣、四廳、一直隸州

 三府：台北府、台灣府、台南府

 臺北府包含：宜蘭縣、基隆廳、淡水縣、南雃廳、新竹縣

 台灣府包含：苗栗縣、台灣縣、彰化縣、埔里廳、雲林縣

 台南府包含：嘉義縣、鳳山縣、恒春縣、澎湖縣、安平縣

 臺東直隸州

     明治31(1898年)年6月第四任總督兒玉源太郎上任，又實施行政區域調整，將「六縣三廳」併回「三縣三廳」，撤銷去年新設的新竹、嘉義、鳳山三縣。原因是財政困難，不得不精減組織。直到明治34年(1901年)5月，才增設恆春廳，變為「三縣四廳」。

    台灣總督府的前三任總督，任期都不長，樺山紀資一年一個月，桂太郎四個月，乃木希典一年六個月，第四任的兒玉源太郎則任期長達八年。兒玉源太郎雖然為台灣總督，但身兼其它軍職，所以經常不在台灣，而將實際行政事權交由民政長官後藤新平負責。在後藤新平積極對反抗軍招降，並大力整治，總督府的財務由虧轉盈，日本在台的統治才逐漸進入穩定時期。

【郡役所】

是日治時期的行政機關兼治安機關，日治時代雲林地區均隸屬於當時的台南州轄下，當時的行政劃分是「州、郡、街、庄」。日治時期的郡役所是行政、警察一起辦公。掌理庶務、警察、勸業、職業等四課；庶務課分設文書、街庄、學務、殖產、財務、庶務等六係。警察課不置係，掌理分區內之治安、司法、防疫、衛生、醫制、藥制及違禁事項。

【庄役所】：就是現在的鄉鎮公所

【警察官吏派出所】

    大正九年（西元1920年），地方制度改革，廢廳置州，全臺改為五州二廳，州下置郡、市。州設警務部，內分高等警察、警務、保安、衛生、理蕃等課，以警視、技師或警部充任課長。

    郡設郡守，兼掌警察權，其下設警察課，內分警務、保安、司法、衛生、高等警察、理蕃等係，配有警視、警部、警部補、巡查等，由郡守指揮監督，無管轄「蕃地」者不設理蕃係；另設有消防組。

    市設市尹，負責一般行政事務，另設警察署，負責警察事務，其下設警察分署，署下及街、庄置警察官吏派出所。警察官吏派出所是維持治安及推行政令最基層之警察機關，其隸屬單位乃隨著行政組織之變動而更易。

【蕃地駐在所】

    日治時期的駐在所可溯及至清代為了邊治地區防蕃所僱的隘勇、隘丁開始。日治之初，日人認為尚有僱置之必要，初歸於所在地之縣知事，到了明治四十二年（1909）十月，修訂廳事務分課規程時，轄內有山地之廳置有「蕃務課」，隘勇、隘丁始歸其統轄。大正2年（1913），日人任隘勇改稱「警手」，並改「蕃務官吏駐在所」稱為「警察官吏駐在所」，是為蕃地駐在所的設置之起始。到了大正四年（1915）所謂「討蕃事業」結束，裁撤「蕃務課」外，乃將蕃務課主管事務移歸警務課掌管。大正九年（1920）日當局改任文官為台灣總督，大事行政，廢廳置州外，也終廢止隘勇之名稱，改為「警丁」，以至於日治末期。

    從駐在所的分佈來看，明顯集中於泰雅族分佈一帶山區，顯見當時日人的理蕃重心在於北蕃地的治理。至於南蕃地，則採取撫育政策，如南蕃地並未設置「隘勇線」，僅從撫威兼用的原則，並在重點番社內設置警察官派出所。當時日人的設置策略是由警察從事撫育，以和平面貌先進駐，再逐漸擴大日警所能控制的領域，而駐在所的設置選擇，地點通常特別選在該蕃社中勢力最大的頭目或頭人所居處，從其位址暗中偵察蕃社內情，以達撫育效果。

    東部蕃地向來視為特殊行政區域，與南部各縣廳二分的「平地」、「蕃地」有所不同，直屬於臺灣總督府，按照臺東廳長相良常綱的東部「理蕃」二十年計畫施政，因此，花東縱谷與臺東平原以及東海岸一帶，僅見零星的駐在所分佈，未及臺灣北部、中部山區密集。由此可知日人的理蕃重點一直膠著於北蕃的治理，至於南蕃地與東部蕃地則撫威兼用，在蕃地地形圖的測量最後階段，南蕃地的測量甚至是草草以終。