劇情簡介：

在荒地迷路的小智一行人遇到「廣美」，以水中神奇寶貝表演而出名的碼頭巡迴團明星。廣美是水之民的後裔，可以體會水系神奇寶貝的內心。小智等人便聽廣美訴說著水之民流傳已久的傳說。原來在海洋深處，水之民的族人建造了「海之神殿－亞庫夏」，裡面供奉隱藏著珍寶「海之王冠」。這神殿只會在月全蝕的時刻出現，而目前誰也沒看過這頂王冠的真面目。
這時出現追尋傳說之謎的神奇寶貝保育家「傑克‧渥克」（暱稱傑奇）。原來傑奇的機密任務是要把蒼海的王子──瑪納霏的蛋給安然送進神殿裡。於是廣美和小智等人也協助這項任務。
忽然這時！出現了有「魅影」之稱的海盜船長開來的大型潛水艦。原來魅影想要奪取王冠，借住王冠的神力來策劃征服世界。但是要解開王冠隱藏的謎團，似乎還需要靠瑪納霏的蛋。這時連火箭隊都想過來分一杯羹，造成了大混亂！為了抵制魅影的陰謀，傑奇開始用 捕獲游標藉助許多神奇寶貝的力量，小智他們也拿出自己的神奇寶貝準備應戰。但畢竟對方的高科技潛水艦威力太強，頓時陷入危機！
神秘的蛋此時發出燦爛的光芒，瑪納霏終於誕生了！隱藏於王冠珍寶裡的秘密是？而瑪納霏的神秘力量又是？最後傑奇和小智等人的任務究竟能不能圓滿成功呢？！現在，準備朝向海之神殿－亞庫夏，目睹這精采的冒險吧！（片長1時41分）