台灣特有種

是指在某一個地區，經過長期演化後，形成了適應當地特殊環境條件的物種。這種物種只分布、生長在該特定地區內，全世界其他地方都沒有，是當地的獨特資源。特有種的存續、消長和其生存的環境息息相關，一旦滅絕，就意味著從此在地球上消失。所以「台灣特有植物」就是指那些只生長在台灣地區的植物；全世界只有台灣有，全世界任何地區都未見其自然分布。

台灣原生種

則是指在台灣土生土長的物種，沒有外國引進紀錄，又稱本地種，包括特有種及廣泛種。廣泛種植物除分布台灣外，還分布在其他各地。一般判別是否為原生種，是依據該物種是否有從外地引進的紀錄。不過也有學者主張，台灣是由海底隆起的島嶼，進入島嶼的植物只有時間先後，以及引入方式是自然或人為的差別。是否為原生種，有些還有爭議。因此學界對於特有種比對原生種更為注意。

外來種

有時也稱為引入種，是指原來在當地沒有自然分布，經由人為無意或有意引進的物種。由於人類在世界各地交流頻繁，使得許多生物得以突破地理隔絕，拓展至他處。外來種移入後，可能無法適應新的棲息地而很快絕跡，也有可能適應新環境，已在自然環境建立穩定族群者，稱為「歸化種」。

外來種的好壞由於人類社會的定義而有所不同：並非所有的外來種都有害，其實大部份都對人類有益，才會被人為引進，如加州蜜李、美國櫻桃等。但若新環境沒有天敵的控制，加上繁殖力旺盛，那麼外來種就會變為「入侵種」，會與原生物種發生競爭，破壞當地生態平衡，甚至造成對人類經濟的危害。常見的入侵種有：紅火蟻、福壽螺、布袋蓮、非洲大蝸牛、巴西龜、松材線蟲等。