新豐驛設立在1893年10月，當時稱為「鳳山崎」火車碼頭，1925年更名為「大曲信號場」，不過當時車站位置位於目前車站北邊。

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1929年11月縱貫線鐵路平鎮至山崎路段改線通車，車站往南遷移至現址並改名為「山崎驛」。1969年3月因車站位於新豐鄉，再度更名為「新豐驛」。

「新豐驛」為在新竹縣新豐鄉，1956年7月將舊鄉名紅毛鄉更名為新豐鄉，不過，但車站卻經過十多年才正名。

2014年1月「新豐驛」跨站式售票站房正式啟用，前一代的舊水泥站房仍保留在新站北側。相較於其他跨站式車站，「新豐驛」的門面特別高挑寬闊，很有設計感，有大站的氣勢。不過，步上樓梯來到售票處，就又變成小站的規格。

前一代車站僅設立有前站（新興路）出口，新站房啟用後，新增後站（東出口）自強路出口。後站出口就位在新竹（湖口）工業區內，出入口開通後就不必繞行一大圈才能進到工業區，也有助於提升新豐驛每日進出旅客數。

車站有兩個島式候車月台，可供列車待避。