從清雍正至光緒的百餘年間，台南的五條港是帶領當地商貿的重要領頭羊，早期台南地區是藉由五條河港的船運對外連結，從北到南分別是新港墘港、佛頭港、南勢港、河南港及安海港，大約位於現今台南市中西區新美街以西，與成功路、中正路間的範圍。

在當時每一條港都有一座港頭廟，像是安海港的港頭廟是開山宮、南勢港為水仙宮。不過，藥王廟的位置比五座港頭廟更西側，有所謂「五馬朝江一回首」的氣勢，同時藥王廟與水仙宮遙遙相對，與一般寺廟的朝向明顯不同。

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藥王廟建立於1685年（清康熙24年），最初的廟址是坐南朝北，在1764年改建時大轉向，改為坐西朝東。藥王廟主祀藥王大帝，為台南府城七寺八廟之一，早期的寺廟為三進式一層樓建築，1969年因協進街（金華路四段）拓寬，寺廟中殿及後殿拆除僅存前殿，1986年重新改建為三層樓建築，這裡是全台灣藥王廟的開基祖廟，每年農曆農曆4月28為藥王大帝聖誕。

藥王廟的建築面向神農街，但是門牌卻隸屬於後方的金華路四段，尤其臨金華路這一側，廟方讓出騎樓空間，並將建廟的相關碑文豎立在此，算是非常奇特的寺廟。

在藥王廟對面一隅，還有一處三百多年歷史的榕松公，這株榕樹沿著民宅外牆生長而上，在艱難環境中求取生存。

藥王廟前的神農街，舊名北勢街，因位於南勢港北邊而得名。在五條港沒落後，從日治時代到1960年代間，五條港周邊一直都是台南市的精華商圈，可惜海安路地下街工程延宕20年(1993年動工，目前為停車場)，讓原本的商圈移轉，造成這裡的繁華已不在。

所幸近10年來老宅翻身，原本要等待都更的老房子，重新被翻修，尤其是北勢街更為成五條港的重生代表，配合海安路藝術造景計畫，讓這裡又重新翻身，近期更結合國華街大菜市（西市場）商圈，創造許多遊客到此造訪。

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