瘧疾從史前時代開始，就在世界各地的所有不同的國家與族群間肆虐。中世紀的羅馬人認為，瘧疾是由沼澤中瀰漫的有毒氣體所產生的；事實上，瘧疾這個字的英文「malaria」，就是從中世紀的義大利文而來。「Mal-」是「不好」的意思，「aria」就是空氣，所以「malaria」就是「壞空氣」的意思，這跟中國古人講的「瘴氣」是完全一樣的想法。在十七世紀以前的歐洲，不曾有過成功治療瘧疾的經驗，畢竟那時的歐洲醫生碰到瘧疾患者，多半像應付其他的疾病一樣，只會給他們放血。

十五世紀末，哥倫布發現新大陸之後，歐洲的探險家們因為種種理由，湧入了南美洲，為當地原住民的生存與文化帶來致命性的損害。但諷刺的是，這些入侵的歐洲人卻反而從南美的原住民那兒，得到了救命良藥。入侵者們來到了南美洲後，頗為「瘴氣」所苦，卻見當地人很少有此困擾。他們仔細觀察後發現，原來原住民們經常會取下金雞納樹（cinchona trees）的樹皮磨成粉，混著甜水（因為那個粉其苦無比）喝下。